你这情况，听起来确实挺让人揪心的。49岁，结婚29年，孩子都飞走了，家里突然空下来，心里肯定空落落的。你老公半夜不回家，还抽烟，你说他心里烦，可你又不知道他烦什么，这种感觉真的很煎熬。
首先，咱们得弄清楚，他到底为什么总是半夜不回家？是工作上的事，还是跟别人有来往？你提到他说“有事”，但你总觉得不对劲。这时候，你不能光靠猜，得找个合适的时机跟他好好聊聊。别一上来就质问，这样容易让他产生抵触心理。你可以先说：“最近我有点担心你，晚上总不回来，是不是工作太累了？”语气要温和，让他觉得你是关心他，而不是在指责他。
接下来，关于他抽烟的事，你一直劝他戒，他却总说等孩子工作了再戒。其实，现在孩子都毕业了，他应该更早意识到健康的重要性。你可以试着和他一起制定一个戒烟计划，比如每天减少几根，或者找一些替代品，比如嚼口香糖、吃水果。同时，也可以鼓励他多运动，让身体动起来，转移注意力。
还有，你提到他跟单位的人走得太近，这可能是你最担心的地方。你可以试着了解他在单位的情况，问问他的同事，看看有没有什么异常。不过，别太直接，避免让他觉得你在监视他。你可以从生活上多关心他，比如问他最近工作顺不顺利，有没有什么烦心事。
你现在的状态，可能是因为孤独感加上压力大，才导致情绪波动。建议你给自己找点事情做，比如学点新技能、参加兴趣班，或者多和朋友联系。这样既能打发时间，也能让自己更有价值感。
你儿子知道一点，但不敢告诉女儿，怕她担心。其实，有时候把心里话说出来，反而能减轻负担。你可以考虑和女儿聊聊，让她也了解一下爸爸的情况，说不定她能帮你一起想办法。
最后，如果你觉得实在撑不住了，不妨考虑找心理咨询师聊聊。专业的人能帮你理清思路，找到更适合的应对方式。婚姻里，沟通真的很重要，别让沉默成为伤害彼此的刀子。